- _ -

• __attribute__() : DynProgr_SPE_main.c

- a -

• alloc() : DynProgr_SPE.h , DynProgr_SPE_main.c
• allocateProfile() : DynProgr_altivec.cc

- d -

• doCreateProfile() : DynProgr_SPE_functions.cc
• dynProgrLocal() : DynProgr_altivec.cc
• dynProgrLocal2() : DynProgr_altivec.cc
• dynProgrLocalBlock() : DynProgr_SPE_functions.cc

- e -

• error() : debug.c , debug.h

- f -

• freeProfile() : DynProgr_altivec.cc

- h -

• handleCommand() : DynProgr_SPE_main.c

- m -

• main() : dblen.c , DynProgr_SPE_main.c , swps3.c
• max() : DynProgr_altivec.cc , DynProgr_SPE_functions.cc
• memRemaining() : DynProgr_SPE_main.c , DynProgr_SPE.h
• min() : DynProgr_SPE_functions.cc , DynProgr_altivec.cc

- r -

• read_all() : swps3.c
• reset() : DynProgr_SPE_main.c , DynProgr_SPE.h

- s -

• skip() : matrix.c
• SPEAlign() : DynProgr_PPU.c
• SPECreateProfile() : DynProgr_PPU.c
• SPEGetProfile() : DynProgr_PPU.c
• SPEInit() : DynProgr_PPU.c
• SPEPutProfile() : DynProgr_PPU.c
• spu_max() : DynProgr_SPE_functions.cc
• spu_min() : DynProgr_SPE_functions.cc
• submitSPECommand() : DynProgr_PPU.c
• swps3_alignmentByteSPE() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_alignmentByteSSE() : DynProgr_sse_byte.c , DynProgr_sse_byte.h
• swps3_alignmentFloatSPE() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_alignmentProfileSPE() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_alignmentShort2SSE() : DynProgr_sse_short.c
• swps3_alignmentShortSPE() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_alignmentShortSSE() : DynProgr_sse_short.c , DynProgr_sse_short.h
• swps3_alignScalar() : DynProgr_scalar.c , DynProgr_scalar.h
• swps3_closeLib() : fasta.c , fasta.h
• swps3_convertMatrixD2B() : matrix.c
• swps3_convertMatrixD2SB() : matrix.h
• swps3_createProfileAltivec() : DynProgr_altivec.cc
• swps3_createProfileByteAltivec() : DynProgr_altivec.cc , DynProgr_altivec.h
• swps3_createProfileBytePPU() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_createProfileByteSSE() : DynProgr_sse_byte.c , DynProgr_sse_byte.h
• swps3_createProfileFloatAltivec() : DynProgr_altivec.cc , DynProgr_altivec.h
• swps3_createProfileFloatPPU() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_createProfileShortAltivec() : DynProgr_altivec.cc , DynProgr_altivec.h
• swps3_createProfileShortPPU() : DynProgr_PPU.h , DynProgr_PPU.c
• swps3_createProfileShortSSE() : DynProgr_sse_short.c , DynProgr_sse_short.h
• swps3_dynProgrAltivec() : DynProgr_altivec.cc
• swps3_dynProgrByteAltivec() : DynProgr_altivec.cc , DynProgr_altivec.h
• swps3_dynProgrFloatAltivec() : DynProgr_altivec.cc , DynProgr_altivec.h
• swps3_dynProgrShortAltivec() : DynProgr_altivec.h , DynProgr_altivec.cc
• swps3_factorFromThreshold() : matrix.c , matrix.h
• swps3_freeProfileByteSSE() : DynProgr_sse_byte.c , DynProgr_sse_byte.h
• swps3_freeProfilePPU() : DynProgr_PPU.c , DynProgr_PPU.h
• swps3_freeProfileShortSSE() : DynProgr_sse_short.c , DynProgr_sse_short.h
• swps3_getSequenceName() : fasta.h , fasta.c
• swps3_loadProfileByte() : DynProgr_PPU.h , DynProgr_PPU.c
• swps3_loadProfileFloat() : DynProgr_PPU.h , DynProgr_PPU.c
• swps3_loadProfileShort() : DynProgr_PPU.h , DynProgr_PPU.c
• swps3_openLib() : fasta.c , fasta.h
• swps3_readDMatrix() : matrix.h , matrix.c
• swps3_readNextSequence() : fasta.h , fasta.c
• swps3_readSBMatrix() : matrix.h , matrix.c
• swps3_translateSequence() : fasta.h , fasta.c

- t -

• TcreateProfile() : DynProgr_SPE_functions.cc
• TdynProgLocal() : DynProgr_SPE_functions.cc

- v -

• vec_addx() : DynProgr_altivec.cc
• vec_addx< v_float_t >() : DynProgr_altivec.cc
• vec_subx() : DynProgr_altivec.cc
• vec_subx< v_float_t >() : DynProgr_altivec.cc

- w -

• warning() : debug.c , debug.h
• write_all() : swps3.c

---